Река берёт начало в горах Карачаево Черкесии — на высоте около 1 342 м над уровнем моря, в месте, где сливаются горные реки Учкулан и Уллукам (последний начинается на западном склоне Эльбруса).
В верхнем течении до Невинномысска Кубань – бурная река с крутыми уклонами и высокими скоростями течения. Далее она выходит на равнины, уклоны уменьшаются, течение становится спокойнее. Ниже хутора Тиховского начинается дельта реки.
Кубань питают дождевые осадки — 38 % годового стока; грунтовые воды — 36 %, а также ледник – 26 %. С марта по сентябрь для Кубани характерно для Кубани продолжительное и дождевые паводки в течение года. Основные притоки: Теберда, Малый Зеленчук, Большой Зеленчук, Уруп, Лаба, Белая, Пшиш, Псекупс, Афипс. В бассейне Кубани 14 500 водотоков, 1 630 озёр, 467 ледников.